一是覆盖范围更广。第三期航空业的碳排放将被纳入其中。

　　二是排放限额和额配数量的总量、确定方式将有明显变化。欧盟拟在EU ETS第三期设定更为严格的排放限额和排放配额总量，从而保证参与者减排的积极性和碳价的稳定。同时，在第三期中，欧盟总排放限额将在欧盟层面直接设定，而非以往由各成员国先自行设定各国排放限额再形成欧盟总排放限额。确定排放配额的方式以第二期平均年排放配额总量为基线，然后每年以1.74%的线性速度递减。这将使排放限额和配额总量的确定更加透明和公平。

　　三是排放配额的分配方式将以拍卖为主。EU ETS前两期，排放配额分配以免费分配为主、拍卖为辅，在第三期将转化为以拍卖为主、免费分配为辅。同时，在第三期中，欧盟分配排放配额时，将基于各行业以往的单位产值的排放配额，而非其历史排放量。

　　四是继续接受来自清洁发展机制和联合履约的碳减排信用。ETS第三期将继续接受《京都议定书》下清洁发展机制（CDM）和联合履约（JI）项目产生的碳减排信用，且在EU ETS第二期尚未使用的碳减排信用可以在第三期继续用以抵减减排义务。如果《京都议定书》续存的国际协议一旦被签订，则只有签署该协议并且执行欧盟认可的项目类型的第三世界国家所产生的碳减排信用，才能被EU ETS第三期接受。